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CT与磁共振两种是截然不同的检查方法。磁共振是在把人体放在一个强大的磁场中，通过射频脉冲，激发人体内的氢质子，发生核磁共振，然后接受质子发出的核磁共振信号，经过梯度场三个方向定位，再经过计算机运算，构成各个方向的图像。
那么CT是由X线环和探测器，环绕在人体一个部位进行旋转所得到的图像，所以这个只能做这个人体断面的扫描成像，而这个磁共振可以做横断位、矢状位、冠状位和任意切面的成像。那么磁共振是没有辐射性的，那么CT是有辐射性的。
那磁共振是由不同的扫描序列形成的各种图像，比如是T1加权像，T2加权像，还有质子密度加权，还有一些特殊序列水成像，水抑制成像，还有脂肪抑制成像，弥散加权成像、波谱，还有功能成像。
那么CT只能辨别有密度差异的组织和骨组织和软组织，那比如是骨头、软组织、空气等，对这个软组织分辨率不高，而且磁共振对这个软组织分辨率非常敏感，比如肌肉、脂肪、软组织、筋膜、韧带等，在不同的序列呈现出不同的信号，所以CT与磁共振是不同的两种的检查方法。
