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肛门齿状线上方有一圈袋状组织，叫肛窦，肛窦内分布着8到12个小孔，与肛门腺开口处相连，虽然排便时候，有时大便会进入肛窦，但在人体局部免疫力作用下，一般不会出现炎症。
如果排便时过度用力或是腹泻，腹泻时有水样便冲击肛窦，大便会在压力下进入肛门腺，若此时人体精神压力比较大或是免疫力下降、熬夜、身体疲劳，会抵抗不住细菌侵袭，而出现炎症，并且化脓。
化脓之后，脓液会蔓延向肛门周围的皮肤，导致局部发红、皮温增高，并且伴有剧烈疼痛，这便是肛周脓肿，患上肛周脓肿后，患者都会有肿胀和疼痛感，并伴有发烧等症状，此时进行手术切开，把脓液排出后，即会得到缓解。
肛周脓肿仅仅在切开排脓之后，有时会达到一定的愈合目的，但是如果在人体免疫力进一步下降时，会再次发生肿胀破溃，进而会形成肛瘘。
