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卵巢功能早衰与妇科的很多疾病，特别是内分泌的疾病，可以先区分，临床上卵巢功能内分泌的问题的疾病的发生率是很高的，比如多囊卵巢。
多囊卵巢比较好发的是生育年龄期的妇女，除了有月经的紊乱、月经不规则、闭经，和卵巢功能早衰相同的症状，它主要是在检查血液当中的抗促卵泡性腺激素，它是一个正常值，大概是5左右。
卵巢功能早衰促卵泡激素也就是FSH是升高的，一般是大于40个单位，那么在临床上卵巢功能早衰的病人，可能会伴有失眠一些精神症状，甚至会出现心血管系统的一些疾病。
在这个多囊卵巢的患者里面，一般是不会有这些很明显的雌激素减低的症状，另外一个疾病就是下丘脑垂体性的闭经，下丘脑垂体性闭经促卵泡激素的水平是低于正常的，一般是在5以下，卵巢功能早衰的促卵泡激素我们知道是高的，是大于40的，所以在临床上还是比较容易相鉴别的。
卵巢功能早衰还与一些免疫性疾病相鉴别，比如免疫功能障碍引起的卵巢功能早衰，要首先治疗原发病，比如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、特发性血小板减少性紫癜，这些都是要首先治疗原发病。
还有就是由于肿瘤，甚至一些手术损伤了卵巢功能，在临床上的卵巢功能早衰的治疗跟特发性的卵巢功能早衰的治疗也是有区分的，首先要注意原发的病灶，主要的鉴别也就是以上所讲的这些了。
