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慢性鼻窦炎的发病因素非常复杂，归结为十个方面。
第一就是鼻腔解剖结构异常，比如各种鼻甲的肥大、鼻中隔偏曲、鼻甲气化、塞泡、钩突变异等，会导致整个鼻腔鼻窦的通气引流通路受阻，从而发生鼻窦炎。
第二是鼻粘膜的纤毛功能障碍，由于纤毛功能传输的效率下降，鼻分泌物引流不畅，可以导致慢性鼻窦炎的发生。
第三是囊性纤维化，这是一种常染色体隐性遗传疾病，鼻腔的分泌物会比正常的高出30到60倍，从而导致患者的引流不畅，可以继发细菌感染等。
第四是过敏反应，比如过敏性鼻炎、过敏性哮喘等，此外，还有一些患者是因为对阿司匹林耐受不良，可以产生阿司匹林不耐受三联征，表现为鼻窦炎、鼻息肉以及支气管哮喘等。
第五就是细菌、病毒、真菌感染，或者因为细菌病毒产生的超敏反应，或慢性骨炎等，也是慢性鼻窦炎的常见原因。
还有其他几个方面，包括胃食管反流、牙齿感染、医源性损伤、免疫缺陷以及遗传因素等。
