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肛瘘发病的基础是因为在肛管齿线附近，出现局部组织的破损，导致炎症波及到周围的组织，才出现一个病理状态。
如果肛管病变的部位，也就是炎症，细菌感染的通道，没有去除，瘘管慢性炎症的问题没得到解决，肛瘘也不会愈合。
愈合的基础是要把感染源，或者这个感染途径要去除，所以肛瘘一般不会自行愈合。还有一种情况比较特殊，就是婴幼儿，因为婴幼儿肛管相对来说比成人要短很多，在出现局部感染，导致脓肿之后，形成瘘管，孩子自身的组织修复能力比较强。
如果在修复能力比较强的基础之上，而且肛管组织又比较短，所以随时有些分泌物就可能在溢出。
一部分患儿肛瘘可以是自愈的，成人的话这种情况下相对来说比较少见，因为肛管比较长，这些分泌物不能及时引流出来，所以说大部分成人都需要手术治疗，自愈可能性很小。
