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功能性胃肠病用药，其实需要经过初步诊断以后，再根据症状进行组合和归类。
例如，患者以反酸、烧心症状为主时，可以遵医嘱应用抑制胃酸分泌类的药物，即质子泵抑制剂，常用的是奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑等，等把胃酸控制下来之后，症状也能明显好转。
其次，若患者以消化不良症状为主，此时可以考虑服用增加胃动力类的药物，如临床上最常用的莫沙必利、伊托必利等。
另外，以阵发性绞痛、腹鸣或是腹泻为主要症状的功能性胃肠病患者，还可以考虑用解痉药或是胃肠道双向调节类的药物，譬如匹维溴铵、马来酸曲美布汀等药物来处理。
