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溃疡性结肠炎的检查的关键，就是结肠镜的检查加上病理组织的检测。
结肠镜检查往往要喝泻药，大便全拉干净以后，可以看到整个结肠、直肠、回肠末端的病变。溃疡性结肠炎病程比较长，容易伴有肠腔狭窄，因此结肠镜无法通过，此时可以做钡剂灌肠，也可以做结肠的螺旋CT或者超声的造影。在结肠镜下往往可以看到黏膜充血、水肿、糜烂灶或者溃疡或者自发性的出血，这部分病人血管形态往往会消失或者模糊。
另外，还可以检测大便，包括大便的常规加大便的培养。其它的病原菌的感染，比如痢疾杆菌、黄杆菌等感染可以除外。也可以查血清学上的指标，比如CRP、C反应蛋白以及血沉，有助于判断疾病是不是处于活动期。同时可以查血常规、血小板、白细胞、红细胞等，了解有没有贫血。并且可以查肝功能，了解营养状况。必要时可以查肿瘤标志物，排除癌变的可能。
