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溃疡性结肠炎需要和急性感染性肠炎进行鉴别，急性感染性肠炎有很多，譬如细菌、病毒感染引起的急性感染性肠炎，比较常见，起病比较急，同时有发热、腹泻。一般病程都是在四天或者一周之内，有的时候不用药也能缓解。
溃疡性结肠炎一般都需要4～6周的病程，往往需要查大便常规或大便的培养来排除。对于这种急性感染性的肠炎，使用抗生素或者抗病毒的药物有较好效果。
其次，还需要与特异性的肠炎鉴别，比如肠道的血吸虫病。肠道的血吸虫病大便里可以查到血吸虫的虫卵，抗血吸虫病治疗也是有效的。
此外，对于结核分枝杆菌感染引起的特异性的肠结核，往往也可以形成肠道的溃疡。病变多数发生在回盲部，可以形成环形的溃疡。这部分病人除了查大便培养查致病菌之外，可以查T- Spot或者查PPD试验来排除。
其它的肠道疾病，比如缺血性肠病，也可以引起腹痛、腹泻、便血等。主要是累及左半结肠比较常见，发病比较急。通过改善微循环治疗以后，很快就能缓解。常见的结肠癌病人也可以有腹痛、腹泻的症状，此时可以通过肠镜取病理明确。相对比较少见的淋巴瘤也可以引起腹痛、腹泻，在肠镜下进行活组织检查就可以区分。
