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肺动脉栓塞的治疗主要是根据肺动脉栓塞的危险分层。肺动脉栓塞在诊断时，需要对患者病情进行危险分层，主要包括低危、中危和高危。
对于低危或中危的肺动脉栓塞患者，要住院进行适当的抗凝治疗。对于中高危或高危的肺动脉栓塞患者，则需要在重症监护室进行治疗，因为中高危或高危的肺动脉栓塞患者，一般会有晕厥、低血压甚至休克、猝死的风险，必须在监护室的条件下监护患者生命体征。患者一旦出现晕厥或低血压、休克、猝死等情况，要早期发现、早期抢救。
对于肺动脉栓塞要进行生命体征的监护，包括血压、血氧饱和度、心率等。低血压患者要进行升压药物的治疗，低氧血症患者要吸氧。
对于已经确诊的中高危或是高危肺动脉栓塞患者，要进行抗凝治疗。急性期患者可通过静脉给予普通肝素或皮下低分子肝素治疗，度过急性期之后再进行长期抗凝治疗，主要包括华法林或新型口服抗凝药治疗。对于急性肺动脉栓塞中高危或高危患者，如果在栓塞发作的14天以内，可以考虑急诊溶栓治疗。
