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自体脂肪移植相对于其他填充物而言，优势很明显。但是自体脂肪移植也是存在着相应的并发症。首先自体脂肪移植达到人体内，前期是通过血浆营养的方式进行存活，后期只能通过血管长入的方式才能存活。
如果过度填充，部分脂肪组织不能够存活，此时可能会产生脂肪液化的结果，部分液化的脂肪可以通过人体吸收，不能够被液化的脂肪，则会由疤痕组织包裹形成囊肿，部分囊肿比较表浅，可以通过手来触及。如果液化脂肪组织能够完全被人体所吸收，最后可能还会在影像学上遗留下钙化点。
另外，如果移植时，脂肪颗粒误入血管，可能会导致患者各个部位栓塞，如肺栓塞、脑血管栓塞等，若造成视网膜中央动脉栓塞，还可能会导致失明的后果。
