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肛周脓肿治疗方法很多，有内科，外科，保守，手术，归根到底还是需要手术，保守治疗方法解决暂时问题，比如应用一些抗生素，清热解毒中药，熏洗药或者是膏药，在一定程度上能缓解肛周脓肿感染情况。
如果要彻彻底底治疗肛周脓肿，还是手术为主。手术方法有很多，治疗肛周脓肿分两步走，先成脓以后，从感染到成脓大概7天，完全成脓以后，直接切开引流，就把脓液引流出来，然后慢慢地再长，人为地形成肛瘘，然后再下一步再进行第二次手术。
肛周脓肿还有一种治疗方法就是一步到位，一次性治疗彻底，也就在治疗肛周脓肿，在切开引流同时，认真寻找内口，正确地找到内口然后按肛瘘处理。如果是低位，位置比较表浅脓肿，一次直接切开，然后脓腔一处理就可以了，就能很好愈合。
对于比较复杂肛周脓肿，要注意几个方面，一个是括约肌问题，另外一个如何挂线问题，这些问题解决好了，对肛周脓肿预后很有帮助。
