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膀胱结石的治疗分为两方面，一方面是针对结石进行治疗。结石治疗有很多办法，最简单的办法是在膀胱镜下，将结石打碎，而打碎结石的办法也有很多，包括物理碎石、激光碎石等。
但是，结石治疗，不仅仅满足于把结石取出，因为结石形成的原因有很多，特别是对于解剖因素的治疗也十分重要。例如尿道狭窄的患者，容易引起膀胱结石，所以还需要解除尿道狭窄，做内切开，与狭窄道端端吻合，解除狭窄后才能彻底解决膀胱结石。
其次，老年男性膀胱结石，主要与前列腺增生有关，需要将结石打碎冲出，如果前列腺增生不作处理，一年内还会长出结石，所以还需要将前列腺增生也解除掉。
此外，有部分膀胱患者是由于高尿酸血症所致，针对此种情况，患者首先需要控制血尿酸，可使用抑制膀胱结石生成、抑制尿酸结石生成的药物，比如碳酸氢钠、枸橼酸氢钾钠颗粒等。儿童膀胱结石主要和胱氨酸结石营养不良有关，所以需要改善营养，调整饮食结构，降低结石复发率。
