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结直肠癌的发病原因比较多，一大类跟患者本身的遗传相关，比如家族性腺瘤性息肉病，这是一类发病比较早，预后很差的家族性遗传病，跟APC的基因密切相关。如果是家族性腺瘤性息肉病，一定要尽早地进行肠镜的筛查和手术的治疗。
再有一类是林奇综合征，这一类约占结直肠癌患者中的3%～4%，这样的患者不光结直肠可以发生恶性肿瘤，也可以在卵巢、子宫内膜、胃和胰腺发生恶性肿瘤。发病平均年龄在40～50岁左右，这样的患者也要进行早期的筛查和治疗。不光要筛查结直肠癌，还要筛查卵巢癌、子宫内膜癌、胃癌、胰腺癌。
结直肠的发病原因还包括炎性肠病，比如克罗恩病、溃疡性结肠炎，这一类的患者肠道出现炎症后肠道进行自我修复，反复地增生，长期的过程中也会发生结直肠的癌变。再有一部分就是结直肠的良性腺瘤，包括锯齿状腺瘤、管状腺瘤、绒毛管状腺瘤、绒毛状腺瘤。如果不进行早期的治疗，日积月累，往往会变成结直肠癌。
