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虽然目前病理学检查，是临床检测中的金标准，但是病理检测也存在着一定的局限性。例如，如果部分标本，其体积较小或者取材较表浅，后续的病理检测过程中存在着一定困难，病理医师无法进行准确的组织学判读，也无法进行后续的良恶性的判断。
另外，目前也存在一部分交界性病变，即基于良性与恶性之间的病变，无法根据病理学、组织学进行后续的评估。
但是目前随着技术的不断更新，可以通过分子病理学后续的靶向基因的检测，从而综合的临床信息进行患者预后的判断。
根据医学的不断推广以及医学的不断进步，需要综合患者的临床信息、基因状态、组织病理学，对患者的预后进行大致的推断。因此在一部分病变中，病理是无法明确其良恶性的。
