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胃肠间质瘤一开始的时候是不容易发现的，主要就是因为在肿瘤体积小的时候一般没有症状，很容易被忽视。另外，胃肠间质瘤的发病率本身也不是太高，因此在常规的体检里面，当肿瘤不大的时候，做B超以及普通的腹部的查体，是发现不了的。
但是，现在体检的意识加强以后，很多病人是通过胃镜的检查偶然发现胃上面的小结节，最终确诊是胃肠间质瘤。这一部分的胃肠间质瘤，和临床上经常需要做手术处理的比较大的病灶，目前认为很有可能是两种疾病。
胃上面的小间质瘤非常罕见，所谓小的间质瘤，是指小于两公分以下的间质瘤。如果小于一公分，叫做微小间质瘤，这部分微小的间质瘤更加常见，携带率可以高达10%左右，因此平常做胃镜筛查很容易发现。对于没有经常做胃镜筛查的病人，早期很难发现胃肠间质瘤。
