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外科不可能把所有的间质瘤都能够治好，外科能够治愈的一部分病人主要是局限性的胃肠间质瘤，对于晚期的病人单纯做手术治疗没有效果。
晚期胃肠间质瘤病人出现复发转移，最根本的治疗还是靶向治疗，手术只是辅助手段，因此根据不同的临床分期，针对不同的间质瘤的病人进行手术干预时，通常要考虑很多问题。
第一，手术能不能够获益。
第二，手术是否能够达到根治。
第三，手术对于病人而言是风险更大还是收益更大，都是需要考虑的问题。
最后要考虑手术有可能增加病人的创伤、住院时间、费用，整个负担都非常明显。
因此手术医生在进行手术治疗之前，通常都会跟病人跟病人家属进行详细的沟通，讲解手术的方案以及手术可能获益以及风险，也是手术治疗在间质瘤治疗里，虽然很重要，但也有局限性的一面。
