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慢性鼻窦炎的发病因素非常复杂，主要归结为十种因素：
第一、鼻腔解剖结构异常，比如各种鼻甲的肥大、鼻中隔偏曲、鼻甲的气化、塞泡、钩突变异等，会导致整个鼻腔鼻窦的通气引流的通路受阻，从而发生鼻窦炎。
第二、鼻粘膜的纤毛功能障碍，由于纤毛功能传输的效率下降，鼻分泌物引流不畅，可以导致慢性鼻窦炎的发生。
第三、囊性纤维化，这是一种常染色体隐性遗传疾病，鼻腔分泌物会比正常高出30到60倍，从而导致患者的引流不畅，可以继发细菌感染。
第四、过敏反应，比如过敏性鼻炎、过敏性哮喘等。还有些患者是因为对阿司匹林类药物耐受不良，可以产生阿司匹林不耐受三联征，表现为鼻窦炎、鼻息肉以及支气管哮喘等。
第五、细菌、病毒、真菌感染或者因为细菌病毒产生的超敏反应等。
还有其它几个方面的因素，包括胃食管反流、牙齿感染、医源性损伤、免疫缺陷以及遗传等。
