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先天性巨结肠一经确诊，则必须采取手术的方法治疗。当然手术的时机，需要根据孩子的情况作出判断。
由于巨结肠的手术方式多样，各地的医疗水平发展也不均衡，所以出现了很多个的发展阶段。迄今为止，全世界通常比较容易接受的是经肛门脱出的方法，这种手术方法更加符合病人的病理和解剖生理。
手术的方法更加简单，手术的时间明显缩短，术后的效果也是最为满意。以上一系列的优点，所以造成了它的后遗症和并发症大大的减少，相比之前也就是最常见的并发症还是术后的肠炎。
但是从肠炎的程度和进行的时间上，都比以前的手术方式明显减少减轻了，处理起来也比较简单。所以后遗症和并发症相对比较少。
极个别的病人会出现排便方面的障碍，比如大便的失禁、大便的排出障碍，但是有很多病人术后大便仍然不能排空，排尽或者排便障碍的原因也很复杂。到目前也不能够完全搞清。
