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PET-CT和核磁共振这两种影像在很多情况下都是可以互相补充的，并且两者补充在一块能够加强诊断能力，核磁的优势在于精细的解剖形式。
当然，核磁的弥散成像对判断良恶性也有很高的灵敏度。但是核磁也有缺点，比如检查耗时比较长，噪音比较大，舒适度相对较差。
另外，多数情况下对淋巴结的特异性，对某些信号增高的特异度相对PET-CT而言要稍微差一些。而PET-CT在显示精细的解剖上是不如核磁的。
但是PET-CT对于显示病变良恶性的特异度是比较高的，对于判断淋巴是不是转移、骨头病变是不是转移的特异度比较高。而核磁可能对于局部的分期非常有价值，比如结直肠癌的侵犯深度、有没有侵犯到周围结构。
对于宫颈癌的侵犯深度以及子宫内膜癌的侵犯深度，核磁还是非常有优势的。但是对于淋巴结的判断，暂时不如PET-CT。所以两种设备不能完全来比较哪一个准确率会更高，多数可以综合应用。
