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子宫内膜异位症引起的原因很多，确切的病因不明确，临床最常见的病因，叫子宫内膜异位的种植学说，就是在月经期，比如说各种运动、性生活、奔跑等等，都可以使子宫内膜它的经血，它可以逆流，逆流到了盆腔，种植到盆腔部位。
还有的女性在青春期，如果有下生殖道的闭锁，比如说处女膜的闭锁，阴道的闭锁，经血不能正常地排出。还有些人工流产手术后的患者，发生了宫颈宫腔的粘连，也可以使经血不能正常排出，这部分经血都可以倒流逆流到子宫腔，逆流到盆腔，逆流到盆腔，形成了盆腔的子宫内膜异位症。
但是还有一部分，比如肺部，子宫腹壁切口，还有些远处的子宫内膜异位症，比如发生在牙龈，发生在肺部，临床目前认为，还有一种，通过静脉淋巴的播散学说，异位的子宫内膜，它可以通过血管播散到远处，可以导致生长，形成子宫内膜异位症。
临床还有一种理论，认为子宫内膜和盆腔，还有卵巢，盆腔的腹膜，卵巢组织，在人类胚胎学上，它有组织的同源性。可以理解，子宫内膜和盆腔腹膜，还有卵巢表面的一部分，它们的组系是一样的。
正因为它们的组系一样，所以这些组织到达一定的年龄，随着炎症的刺激，很多因素的干扰，这些部位的组织可以化生，可以形成子宫内膜样的组织，它受卵巢激素影响，开始周期性的增殖，形成了子宫内膜的异位病灶。
