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小儿肾病综合征是慢性疾病，治疗时间比较长，使用药物比较多，所以并发症也比较多。最为常见的并发症是感染，因为患儿本身有大量蛋白尿漏出，体内的蛋白质很少，和免疫相关的免疫球球蛋白也比较少，再加上使用免疫抑制药物，如他克莫司、环磷酰胺，所以会导致患儿免疫力下降。免疫力下降之后，就更容易出现感染。感染的部位多数是呼吸道，以感冒、支气管炎、肺炎等为主。如果有腹腔积液，可能会引起腹膜炎。
其次，因为小儿肾病综合征需要应用利尿剂进行治疗，所以可能会出现电解质紊乱的情况。而且在使用利尿剂的过程中，大量的水会从血管中间渗到组织间隙，所以此时患儿会伴有血容量低的表现。
另外，部分肾病综合征患儿可以出现急性的肾功能不全，最后会因为长期疾病影响和本身用药影响而出现血栓。血栓一旦脱落，则可能导致猝死。
