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肝胆管结石治疗的方法主要有两种，分别是微创的方法和开刀的方法，两种方法都需要进入腹腔到肝脏有肝胆管结石的部位去治疗。
进一步治疗的方法也有两种，第一种方法是针对有病灶的，即对有结石的肝段或肝叶进行切除。
第二种方法是针对于肝脏没有纤维化、没有萎缩、没有可疑癌变的情况，可以利用胆道镜技术通过T管或者从胆总管下面，经过一级、二级、三级胆管进到有结石部位的胆管，把结石取出来。
另外，还有一种方法是经皮经肝穿刺，该方法不需要开刀，而是在超声引导下看到结石所在部位，扩张胆管，利用胆道镜技术进行碎石、取石。
总体而言，开腹手术切肝脏、腹腔镜微创技术可以切除有结石的肝脏，还有腹腔镜加胆道镜联合取肝内胆管结石，也可以不切除肝脏。
还有一种方法既不用腹腔镜，也不用开刀，直接在局麻下，在超声引导下穿刺到胆管，该方法简称为PDCS，即经皮经肝胆道镜取石技术，可以用于治疗肝内胆管结石
