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鉴于颅咽管瘤的发生部位、肿瘤大小、累及范围的不同，患者手术疗效会产生差异。首次手术力求全切肿瘤，10年生存率可以达到60%左右，复发率7%~26%。部分切除的肿瘤复发率很高，即使术后辅以放疗，也不能长期控制残存肿瘤的继续生长，5年生存率难以达到50%。
颅咽管瘤再次手术，行肿瘤广泛切除难度很大，也会增加手术的危险性。由于颅咽管瘤起源于胚胎残存的垂体柄组织，周围有三脑室、视交叉、颈内动脉等，有部分颅咽管瘤呈浸润性、枝状，与周围组织有粘连，呈浸润性生长。
因此，即使术后在影像学上得到全切，但也不能在生物学、细胞水平上得到全切。因此颅咽管瘤术后要终生随访，一旦发现复发，可以考虑手术放疗等治疗手段。
