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尿道感染的病因分为两个方面，一个就是病原体方面的原因，另外一个就是身体本身的原因。病原体方面就是细菌来源，因为男性和女性的泌尿系感染发生率，其实是差别很大的，男性的感染率很低，女性的感染率很高，这个就跟女性更容易接触到这些致病的细菌有关系，是因为女性的特殊的解剖关系引起的。
对自身的原因来说，女性有几个危险因素，主要是因为女性的尿道比较短，再加上也会有性生活的影响等各种各样原因，这是解剖学的因素。还有就是劳累，劳累的时候抵抗力会下降，一旦抵抗力下降之后，就容易感染。还有些患者会伴发其他的疾病，比如泌尿结石，包括肾结石、输尿管结石。
对于结石本身，上面往往会寄生细菌，再者结石又引起了泌尿系的梗阻，排泄不畅，也会给感染增加机会。或者有的人排尿功能不好，比如老年男性前列腺增生之后，引起的残余尿增多，或者是女性膀胱的收缩率下降，或者是尿道梗阻，都会引起残余尿增多。
正常每次排尿都能把膀胱内的尿全部排出来，如果由于各种各样的原因使膀胱不能有效的排空，等到排完尿之后，膀胱内的还残余了一部分尿，因为不能有效的排空，这些尿液会容易滋生细菌，这都是容易感染的病因。还有些患者，比较喜欢吃辛辣刺激的、特别咸的食物。虽然可能没有这方面的专门研究，但是认为这种情况可能对泌尿系感染也有影响。
