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肛门直肠畸形最好记忆的是通过闭锁位置高低进行分型，分为高位、中位、低位，虽然容易记忆，但分型过于粗糙，现在因为治疗更加精细化，分型也相对与诊断、手术方式选择、预后相关。
肛门闭锁基本百分之九十八患者都有瘘口，根据瘘口位置分型对于手术选择和预后相关性更大，百分之九十八男性患者都有直肠尿道瘘，根据尿道阶段分为直肠膀胱颈瘘、直肠前列腺部瘘、直肠球部瘘、直肠会阴皮肤瘘。
高位即直肠膀胱颈瘘，中位即直肠前列腺部瘘和球部瘘，低位即直肠会阴皮肤瘘。低位闭肛手术效果较好，神经没有异常百分之百可以控制大便；中位患者即位置分型越高，控制大便几率或是可能性越低，中位有百分之七八十控大便性。
女性最常见的是直肠会阴皮肤瘘、直肠前庭瘘，直肠阴道瘘比较少见，都是直肠前庭瘘。
还有最复杂的类型是一穴肛，女性分型比较好记，低位比如直肠会阴皮肤瘘和直肠前庭瘘或者直肠阴道瘘，预后较好，如果神经没有异，大便控制率可以达到百分之百，对于一穴肛，预后比较复杂，根据具体类型也会有所不同。
