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肛门直肠畸形诊断即为临床诊断，现在家长照顾比较细心，不难诊断，因为肛门直肠畸形部分带有瘘口患者，比如会阴皮肤瘘较轻或者前庭瘘，诊断相对延迟。
会阴皮肤瘘靠近肛门隐窝处类似于肛门，实际是肛门皮肤瘘，患者可能因为出现便秘去医院就诊，有经验医生可以发现。患者入院后可以通过辅助检查进行诊断肛闭锁。
因为辅助检查对手术方式选择、对病人充分评估有一定帮助，比如肛门闭锁患者合并心脏畸形、泌尿系畸形、生殖系畸形，比如女性生殖系合并阴道缺如、子宫缺如，合并脊髓方面异常，比如合并脊髓脊膜膨出、脊髓栓系、尾骨前肿瘤。
术前需要通过骶尾部核磁进行评估，做泌尿系、心脏超声排除其它并发畸形，医生需要判断直肠闭锁位置，对手术重建有帮助，还要做造影，肛门闭锁一期做造瘘患者，需要通过造瘘口远端造影明确瘘口位置，如果造瘘口远端造影不能百分之百诊断瘘口位置，需要结合核磁，如果结合核磁还不能完全判断瘘口位置，可以在术中做膀胱镜检查明确瘘口位置。
