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原发性三叉神经痛常常需要和以下几种疾病进行鉴别：
第一种就是继发性三叉神经痛，由肿瘤、动脉瘤、动脉畸形、外伤等引起的三叉神经痛，通过磁共振、ct血管影像和询问病史就可以鉴别。
第二种是牙疼，主要表现为牙龈和颜面部的持续性的胀疼、隐疼，所以很多三叉神经痛的患者一开始都就诊口腔科。对于牙疼来说，口腔科检查可以发现牙龈肿胀、局部叩疼、张口受限，经过口腔科治疗以后牙疼能够消失，不再存在。
第三种是舌咽神经痛，疼痛部位多位于颜面的深部、舌根部、软腭、咽部和外耳道，疼痛性质和持续的时间和三叉神经痛相似，少数患者有扳机点，一般位于扁桃体窝和舌根部，常因为吞咽、说话、打哈欠等动作诱发疼痛。
