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肠癌愈后，主要跟分期有关。如果分期较早，患者可以通过手术进行根治性切除；如果部分患者存在高危因素，比如可以达到根治性切除患者，相对比较年轻，切除肿瘤通过病理检查发现恶性程度较高，比如出现黏液性癌、微卫星不稳定、有HET-2的高表达、表皮生长因子突变、K-ras基因突变，预示患者术后容易出现复发、转移。这部分患者术后，及时进行辅助化疗，同时采用靶向治疗、免疫治疗，相对而言患者生存期较好。
如果属于中晚期，患者就诊时出现明显狭窄或是出血，肠壁全层浸润同时伴有脉管、淋巴结、肝、肺、骨转移，这部分患者相对愈后较差，根治比较困难。随着医学进步，化疗药物有一定进展，很多药物都可以起到很好的化疗作用，还有靶向药物，如果有相关靶点、相关基因突破，患者可以选择靶向药物治疗。
还有免疫治疗，有部分结肠癌患者可以从免疫治疗中获益，主要是指出现微卫星不稳定、错配修复基因缺失、有较高的肿瘤突变负荷、有PD-1高表达。
目前临床在积极探索免疫和抗血管生成药物，联合靶向药物提高治疗效果，随着研究深入，有更新药物涌现，肠癌治疗效果比现在更好。
