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新生儿呼吸窘迫综合征的并发症多发生在氧疗治疗过程中或者治疗后的恢复期，重症患儿可并发动脉导管不关闭、肺动脉高压、肺部感染，支气管肺发育不良及肺出血和颅内出血。
患儿经机械通气和供氧治疗后，在恢复期约有30%的病例出现动脉导管未闭合，由肺动脉血流增加而导致肺水肿出现间歇性呼吸暂停和充血性心力衰竭，甚至危及生命。
肺动脉高压是由于缺氧和酸中毒，容易并发此症，发生右向左的分流，使病情加重，血氧饱和度下降。另外最常见是肺部感染，患儿由于气管插管、机械通气，气管插管后的机械通气，失去气道本身的屏障功能，细菌和病毒造成肺部感染，使病情加重。
另外，由于患儿长时间的吸入高浓度的氧以及机械通气的压力容易造成孩子肺损伤，包括肺部感染，引起肺部的生物伤，都可以引起肺的纤维化，导致支气管肺发育不良。
重症的患儿常发生肺出血主要与早产、缺氧有关，经常发生在病程的第2～4天，一旦发生肺出血，患儿的病情就极为严重，是围产期的早产儿死亡的主要的原因。另外颅内出血患儿可发生颅内出血，主要与早产缺氧、机械通气的治疗有关。
