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接种HPV疫苗后的有效期非常长，自2006年HPV疫苗上市以来，发表观察到8-10年的数据证明HPV疫苗在8-10年内是有效的，并且在继续观察HPV疫苗的有效性。来自丹麦最新的报道，观察到12年HPV疫苗仍然有效，现在仍然继续观察其有效性。
HPV疫苗接种后可以诱导机体产生特异性的抗体，表明两种疫苗对于HPV16型、18型相关的CINⅡ和CINⅢ的预防差别不大，显示了两种抗体反应都良好，在9年后的抗体滴度仍然维持在稳定的水平。中国大陆对二价疫苗和四价疫苗上市后免疫原性的数据也显示了血清中抗体滴度达到了有效的免疫原性。长期随访的研究证实了四价疫苗10年的保护效率，并呈现12年的保护趋势。
北欧已经将HPV疫苗纳入国家免疫计划，对16-26岁的青年女性进行了长达8-10年的随访，以及丹麦的最新的青少年中进行的12年随访的观察当中，既往未感染的HPV型别的人群接种了四价疫苗后没有高级别病变发生。
哥伦比亚对26-45岁的女性长达10年的随访研究当中，仅在4年的基础研究中出现一例CINⅡ、CINⅢ的病人，之后再没有发现，16型、18型相关的病变，CINⅡ、CINⅢ就没有再发生。所以已经上市的疫苗对于从未感染过疫苗型别的HPV的女性有着很好的保护效率。
最终注射HPV疫苗后保护效率到底能维持多少年，目前尚不完全清楚，采用数据统计模型预测，疫苗的保护效率可长达50年。对于最终HPV接种后可以保护多少年有待于继续的观察总结，由时间得出更有意义的结论。
