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按照HPV疫苗的要求，要求完成三剂接种才能够完成全程的免疫接种，其效果是最优的。二价疫苗是在0、1、6分别接种一剂，共完成三剂接种。四价疫苗是在0、2、6分别接种一剂，共三剂，分三次完成。如果因为种种的原因只接种了一剂或者是没有接种完，从免疫学的角度来讲，接种一剂或者两剂诱导人体自身免疫体系不足，预防效果不如完成三剂，完成了三剂全程接种后效果好，因此建议在计划准备接种HPV疫苗的女性应做好准备，最好预留出来六个月的时间来尽可能按照计划完成全程接种。
如果因为自身出现严重的不良反应，例如过敏了等，只能停止再接种，则不能完成全程的免疫的接种，只能规定，只能在随后的日子里头通过定期的宫颈癌筛查来完成子宫颈癌的预防计划。
美国妇产科医师协会近期发布了新的关于HPV疫苗接种的指南的意见，来取代了2015年9月发布的文件。美国国家药监局目前批准的疫苗有三种规格，分别为二价、四价、九价。2017年，又建议接种HPV的目标年龄为11岁到22岁，直到26岁。
对于15岁前已经接种了第一针疫苗接种者，一共只需要接种两剂就可以了，第一剂和6-12月后的第二剂。但是如果两针的接种时间间隔不足5个月，需要接种第三针。如果在15岁以后才接种第一针，则共需要接种三针，分别是第一针和距离第一针的1-2个月和第6个月，既0或者是1-2个月或者6个月，这是美国最新提出来的一个免疫的计划。
青春期前的女孩儿可以间隔6-12个月的时间点上接种两剂HPV疫苗，从而实现对疫苗相关型别的HPV的保护效率。系列接种可以保护女孩避免HPV感染，直至进入常规接种的程序。世界卫生组织从2015年开始推荐两剂接种方法，但对于15岁和更大年龄的女性活动推荐三剂接种。
