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子宫内膜息肉的病因并不明确，认为与雌激素过度暴露和慢性炎症有关。目前被广泛接受的引起息肉的原因是雌激素的刺激学说。雌激素有促进子宫内膜增生的作用，孕激素刚好是由对子宫内膜有保护作用，可以诱导内膜分化，然后让内膜脱落。
如果在高雌激素状态下，又没有孕激素抵抗的时候就容易造成子宫内膜的持续的增生，形成息肉。高雌状态、低孕激素的状态导致内膜增生，促使子宫内膜息肉发生，目前比较公认，也是目前认为是最明确促进子宫内膜稀有形成的原因。
另外就是炎症刺激学说，子宫内膜息肉中发现肥大细胞数目增多，肥大细胞是子宫内膜炎症的表现，比正常的子宫内膜高七倍左右。因此也是认为子宫内膜息肉可能是长期的炎症刺激导致的，这些炎症刺激如果是反复的宫腔操作或者流产、上环的女性，子宫内膜息肉发病率较高。
除了以上两个原因之外，也有认为子宫内膜息肉是和一些因子表达的失调以及遗传有关系的，子宫内膜息肉的发病高危因素还有年龄、肥胖、多囊卵巢综合征、他莫昔芬的使用以及促排卵过程中的促进性激素，这些都和雌激素有关系，年龄比如是生育年龄女性或者肥胖的时候，脂肪里边雄激素可以转化成雌激素，都可以造成高雌的状态，形成息肉。
还有就是其他的一些高危因素，比如高血压、宫颈息肉和子宫内膜异位症，也发现高血压的病人是全身的炎症反应，指标高于正常人群，还有证据显示，25%的子宫内膜息肉和子宫内膜异位症局部炎症反应有关系。
因此子宫内膜息肉发生的主要原因是雌激素的过度刺激和慢性炎症刺激导致的。
