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尖锐湿疣由HPV病毒感染引起，该病复发的原因很多，主要有以下几种：一、HPV亚临床感染和潜伏感染，前者是指临床不易辨认的皮损，需要借助醋酸白等辅助手段才能观察到，其组织学和细胞学都有典型的HPV感染的改变，后者是指HPV感染皮肤后不引起任何临床症状，醋酸白试验，细胞学和组织学检查，都是正常的，但通过PCR等方法可以检测到病毒的感染，这两种感染常规治疗很难被彻底清除，在机体免疫力下降等条件下，会发展成为肉眼可见的皮损，是复发的主要原因。
二、机体免疫力下降。
三、病毒载量、荧光定量PCR检测发现，复发的尖锐湿疣患者感染局部，病毒复制量较高。
四、伴发其他性传播性疾病。
五、再次的感染接触，再次的高危性行为和未经治疗的感染性性伴侣，也可以引起复发。
六、男性包皮过长。
七、心理因素，绝大多数患者可有抑郁、焦虑等心理障碍，患者的不良情绪可引起机体细胞免疫功能下降，使病毒复制增加。部分患者采取不正确的过度清洁手段，反而导致局部皮肤黏膜，屏障的破坏，容易引起复发。
