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在做食管癌的整体的手术合并症不外乎就是一个第一心肺功能的影响，呼吸衰竭、肺炎，在做清扫淋巴结的时候，由于淋巴系统的破坏，出现了胸腔里的反复的脂肪液体，就叫乳糜胸，乃至重建了消化道，接上了吻合口，又重新不愈合，出现瘘等等这些。瘘了以后长期的慢慢瘢痕化和瘢痕体质而导致的吻合口狭窄，这些都是食管癌治疗以后带来的这样的合并症。放疗技术再精准，由于器官是在胸腔，是在肺和心脏的比邻的地方，邻居的地方，所以相关带来的放射性肺炎或者是放射性的食道炎带来的合并症。
食管癌治疗是跟器官解剖位置密切相关，食管器官是跨度在颈，从嗓子眼这儿咽下食物就开始了，食管在颈部仍然有将近5厘米长，在腹部，肚子里头，在剑突位置也就心口窝这仍然有3到4厘米长，所以食管的手术都是经胸加经腹，或者是经颈加胸加腹三个解剖部位或者两个解剖部位，才能完成食管癌的切除。切了以后还得要把人吃东西这一套这一条管道衔接起来，就得把胃再成型以后再接在剩下健康的食管上，所以这个手术是非常的大的手术。
当然现代外科学已经不是在八九十年代那样传统式的外科，都是将近15厘米到40厘米的大刀口的手术了。现在食管癌的手术是用全腔镜做的微创手术，所以可以给病人通过颈、通过胸、通过腹，是三个7厘米长的一个刀口就能完成这样三个解剖部位的全切食管和重建消化道的手术。当然甚至胸部，就是3到4个很小的孔就可以把胸部的这个7厘米的刀口也可以变成有三四个孔，就能完成胸部的解剖部位的手术，等等这些都使食管癌的手术的创伤变小，但是大家还要知道，也就会出现术后的肠梗阻、肠粘连的这样风险。
