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正常的子宫内膜是长在宫腔内的，周期性的子宫内膜脱落会形成女性的月经。当有功能的子宫内膜长到了宫腔以外其他的部位，叫做子宫内膜异位症。根据异位的部位不同，临床症状也是不同的，而临床症状的发作一般是和月经周期密切相关的。子宫内膜异位的最常见的部位是在盆腔内，比如子宫内膜异位到卵巢，会形成巧克力囊肿。囊肿会出现经后增大、经前缩小的症状。因为异位的内膜也会周期性的出血。
当巧克力囊肿长到一定大小的时候，还会引起破裂，产生急腹症。破裂往往会发生在月经期，子宫内膜异位在盆腔的其他部位，比如最常异位的地方是韧带，或者是子宫直肠陷凹部位，患者会出现痛经、性交痛、慢性盆腔痛的症状。还会引起盆腔严重的粘连，将来会引起输卵管的堵塞，导致患者出现不孕症。子宫内膜异位在肠道内也会出现周期性的腹痛、腹泻甚至周期性的便血。子宫内膜异位在膀胱或者输尿管内也会出现相应的泌尿系统的症状。如果子宫内膜异位在呼吸道内，则会出现周期性的咳血。
