检测前因素涵盖标本采集环节出生后未充分哺乳、运输保存温度不适或时间过长及标本处理保存不当，检测技术因素是筛查方法有局限性致假阳性或阴性，疾病本身因素包括遗传基因突变使代谢通路异常，年龄及个体生理特点因素因新生儿代谢特殊检测时间不当会致筛查结果偏差。
一、检测前因素
1.标本采集环节：新生儿出生后喂奶时间不足是常见影响因素，若出生后未充分哺乳就采集标本，会导致某些代谢物浓度未达到检测所需水平，从而可能使筛查结果出现偏差；另外，标本运输过程中保存温度不适宜（如过高或过低）、保存时间过长等，也会干扰检测指标的准确性，进而影响筛查结果判定。
2.标本处理保存：标本采集后若处理不当，例如容器污染等情况，会破坏标本中的代谢物质，使得检测结果不能真实反映新生儿体内代谢状况，造成筛查未通过的假象。
二、检测技术因素
筛查所采用的检测方法本身存在一定局限性，其灵敏度和特异性并非绝对完美，可能会出现假阳性或假阴性结果。比如部分筛查技术对于某些罕见遗传代谢病相关代谢物的检测敏感度不够，导致实际患有相关疾病的新生儿未能被准确筛查出来，或者将没有患病的新生儿误判为筛查未通过。
三、疾病本身因素
1.遗传基因突变：新生儿体内存在相关遗传代谢病的致病基因突变，使得体内相应的代谢通路出现异常，导致某些关键代谢物的合成、分解等过程发生障碍，从而在筛查时检测到异常指标，提示筛查未通过。例如苯丙酮尿症是由于苯丙氨酸羟化酶基因缺陷，导致苯丙氨酸代谢异常，在筛查中会表现出相关指标异常。
2.代谢通路异常：由于遗传因素导致新生儿体内特定代谢通路无法正常运行，使得正常代谢产物积累或缺乏，这些异常的代谢状态反映在筛查指标上，就会出现筛查未通过的情况。不同的遗传代谢病涉及不同的代谢通路，如甲基丙二酸血症是因甲基丙二酸代谢通路中的相关酶缺陷，导致甲基丙二酸等代谢物在体内蓄积。
四、年龄及个体生理特点因素
新生儿处于特殊生长发育阶段，其生理代谢过程与成人有很大不同，自身代谢调节机制尚不完善。在出生早期，某些代谢物的浓度可能处于动态变化中，若检测时间不合适，可能刚好处于代谢物浓度波动的非典型阶段，导致筛查结果出现偏差，被误判为未通过。例如一些氨基酸代谢物在新生儿不同日龄时的正常参考范围差异较大，若检测日龄选择不当，就可能影响结果准确性。
