新生儿坏死性小肠结肠炎有全身症状（体温异常、精神萎靡、呼吸暂停）、胃肠道症状（腹胀、呕吐、便血）及腹部体征（腹部压痛、腹肌紧张、肠鸣音改变），全身症状中体温可不稳定或发热，精神差，有呼吸暂停；胃肠道症状腹胀早期轻后期重，呕吐物多样，有便血；腹部体征压痛不典型，重者腹肌紧张，肠鸣音早期亢进后减弱或消失。
一、全身症状
1.体温异常
新生儿坏死性小肠结肠炎患儿可出现体温不稳定，部分表现为体温过低，这与患儿机体调节功能不完善以及感染等因素有关。早产儿体温调节中枢更不成熟，体温异常的情况可能更为常见。例如，正常新生儿体温在36-37.3℃，而患病新生儿可能体温低于36℃或波动较大。
也有部分患儿会出现发热，多是由于肠道内感染等炎症反应引起，提示机体存在感染性炎症过程。
2.精神萎靡
患儿会表现出精神反应差，不爱活动，对外界刺激反应迟钝。这是因为肠道病变导致机体处于应激状态，能量消耗增加，同时肠道内毒素吸收等因素影响了中枢神经系统的功能。对于早产儿来说，本身各器官功能发育不完善，精神萎靡的表现可能更易被察觉，且病情变化可能更快。
3.呼吸暂停
部分患儿可出现呼吸暂停现象。这是由于肠道病变引起的全身炎症反应影响了呼吸系统的正常功能，或者肠道内气体积聚等刺激导致呼吸中枢调节异常。早产儿呼吸中枢发育更不完善，发生呼吸暂停的风险相对更高，需要密切监测呼吸情况。
二、胃肠道症状
1.腹胀
是较为常见的症状，早期可能为轻度腹胀，随着病情进展可逐渐加重。腹胀的原因主要是肠道内气体产生增多、吸收障碍以及肠管扩张等。例如，肠道缺血缺氧导致肠壁通透性增加，气体进入肠壁或肠腔，引起腹胀。腹部查体可见腹部膨隆，叩诊呈鼓音。
2.呕吐
呕吐物可为胃内容物，严重时可含有胆汁，甚至为血性呕吐物。这是因为肠道病变导致肠道蠕动功能紊乱，食物和消化液的正常运行受阻，向上反流引起呕吐。如果呕吐物为血性，提示肠道黏膜有出血坏死等严重病变，如肠黏膜糜烂、溃疡等。
3.便血
轻者可为粪便隐血试验阳性，重者可出现肉眼血便，可为鲜血便、果酱样便或黑便等。便血是由于肠道黏膜坏死、溃疡形成，导致血管破裂出血。不同类型的便血提示不同程度的肠道病变，例如果酱样便可能提示肠套叠等，但在新生儿坏死性小肠结肠炎中也可能出现，需要结合其他症状综合判断。
三、腹部体征
1.腹部压痛
腹部可有不同程度的压痛，但由于新生儿尤其是早产儿表达能力差，压痛表现可能不典型。医生进行腹部查体时可发现患儿腹部对触摸等刺激有躲避反应，提示腹部存在炎症刺激。
2.腹肌紧张
病情较重时可出现腹肌紧张，这是因为肠道炎症累及腹膜，引起腹膜刺激征。但新生儿腹肌紧张表现可能不如年长儿明显，需要结合其他症状和体征综合判断，如腹胀进行性加重、肠鸣音减弱等情况同时存在时，更应考虑腹肌紧张与肠道病变的关系。
3.肠鸣音改变
早期肠鸣音可亢进，随后逐渐减弱甚至消失。肠鸣音亢进是肠道早期炎症刺激肠道蠕动增强的表现，而肠鸣音减弱或消失则提示肠道缺血坏死加重，肠管蠕动功能严重受损，如肠麻痹等情况。
