龟头和阴茎红起小水泡尿道疼痛可能与龟头炎、尿道口炎、人疱疹病毒感染等疾病有关，具体分析如下：
1.龟头炎
如患者患有龟头炎，炎症会刺激龟头和阴茎，导致皮肤出现炎性渗出，从而出现小水泡。龟头炎还会使尿道红肿、变窄，排尿时会压迫红肿部位，出现疼痛感。
2.尿道口炎
若患者的尿道口出现了炎症，会直接刺激尿道组织，引起尿道疼痛。尿道口炎症还会使阴茎和龟头组织水肿，从而出现水泡。
3.人疱疹病毒感染
若患者阴茎部位被人疱疹病毒感染，病毒会分泌液体刺激皮肤组织产生过敏反应，从而出现起水泡的情况，还会损伤尿道部位的神经节，出现疼痛的情况。
