1.2/3以上的急性患者在发作消退后不留痕迹。
2.急性重症患者可在数天内死亡。
3.典型慢性患者可呈慢性间歇性发展，其危险性随病程的延长而增加。
4.内科治疗缓解率有限，病变不可能完全消失。大致能维持健康状态者仅占10%~20%。有的患者尽管临床表现近似健康人，但疾病仍在发展，而且多有一种或几种并发症。
5.手术复发率高，5~10年内可有50%~80%的患者复发。
6.结肠克罗恩病的结肠癌发生率比一般人高约20倍，小肠癌发生率约为0.3%。克罗恩病的病死率约为10%，死亡原因为腹膜炎和脓毒血症。
