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由于炎症性肠病并不具有非常特异的表现，而且也没有特别金标准的诊断依据。通常在临床实践中，临床医生需要结合很多的方面来对IBD进行诊断。首先，最主要的临床表现是腹痛、腹泻、血便、粘液脓血便、发热等。
另外，要结合其它，比如肠镜下表现、小肠CT、血清的生化检查和常规检查，并且还要鉴别很多疾病，比如肠结核、肠白塞病、肠淋巴瘤，甚至还有肠癌，这些疾病可能都具有相同的表现，比如肠道都有溃疡，都可能有发热、消瘦、贫血等。
炎症性肠病最终还要通过患者的病理学检查，但是实际上能找到典型病理表现的病人，可能也是少之又少。因此需要通过多方面结合，甚至要MDT共同讨论诊断排除，最后才能给患者比较正确的诊断。
