巧克力囊肿具体的发病机制尚不明确，考虑与子宫内膜种植学说、遗传因素以及免疫因素等原因有关，治疗方法包括一般治疗、药物治疗、手术治疗等。
一、巧克力囊肿的原因
1、子宫内膜种植学说
子宫内膜种植学说包括经血逆流和淋巴静脉播散，其中经血逆流是指脱落的子宫内膜随着经血逆流进入腹腔，然后在卵巢上种植，并生长、蔓延，形成巧克力囊肿；淋巴静脉播散是指子宫内膜向淋巴以及远处的静脉播散，然后种植于卵巢，形成巧克力囊肿。
2、遗传因素
通过研究发现该病还具有一定的家族聚集性，怀疑是多基因或多因素遗传的结果。
3、免疫因素
子宫内膜随着血液逆流时会被认为是一种异物，从而使激活机体的免疫系统将其消除，如果机体免疫系统出现异常，就不能够将其消除，导致其种植于卵巢，从而发展为巧克力囊肿。
二、巧克力囊肿的治疗方法
1、一般治疗
患者日常应积极参加体育锻炼，适度锻炼可以促进身体的血液循环，可起到一定缓解疼痛的作用；在饮食上还需以清淡的食物为主，避免食用辛辣刺激的食物。
2、药物治疗
建议患者可在医生指导下使用药物进行治疗，如地诺孕素、醋酸甲羟孕酮、米非司酮等，药物治疗主要的目的是抑制卵巢的功能，防止病情进一步发展。
3、手术治疗
如果患者采取药物治疗后症状未缓解或者是局部病变加剧、生育功能未恢复、囊肿直径≥4cm的患者，建议可采取手术的方法进行治疗，如保留生育功能手术、保留卵巢功能手术、根治性手术等，手术的主要目的是切除病灶、恢复期正常的解剖结构。
