新生儿出血症主要因维生素K缺乏引起，原因包括胎儿期胎盘转运不足致新生儿体内储存少、母乳中维生素K含量低及新生儿肠道合成不足。
胎儿期维生素K通过胎盘转运不足：胎儿体内维生素K储存量相对较少，因为维生素K难以通过胎盘，孕妇体内维生素K很少能进入胎儿体内，一般足月新生儿体内维生素K储存量仅能满足出生后1-4天的生理需要，这就使得新生儿出生时体内维生素K水平较低。例如，有研究显示，正常足月新生儿肝脏维生素K含量约为成人的1/4-1/3，这种相对不足的储存量为新生儿出血症的发生埋下了隐患。
母乳中维生素K含量低：母乳中维生素K的含量较低，平均仅为牛奶中含量的1/4。纯母乳喂养的新生儿，如果不能及时补充外源性维生素K，就更容易发生维生素K缺乏。据统计，纯母乳喂养的新生儿维生素K缺乏性出血症的发生率比配方奶喂养的新生儿高11-50倍。这是因为母乳中的维生素K含量不能满足新生儿生长发育过程中的需求，尤其是在出生后的前几周，新生儿肠道菌群尚未完全建立，自身合成维生素K的能力很弱，而通过母乳获取的维生素K又不足，导致凝血因子合成障碍。
新生儿肠道合成维生素K不足：新生儿出生时肠道菌群尚未完全建立，肠道内合成维生素K的细菌数量很少，例如在出生后的最初几天，婴儿肠道内的双歧杆菌等有益菌数量较少，使得维生素K的合成量远远不能满足机体的需要。随着新生儿出生后日龄的增加，肠道菌群逐渐建立，维生素K的合成量才会逐渐增加。但在出生后的早期，这种肠道合成不足的情况会导致体内维生素K水平持续处于较低状态，增加了新生儿出血症的发病风险。
