冻囊胚未着床可从月经情况、身体症状、实验室检查及超声检查来判断，月经通常按时来潮，无妊娠相关身体症状，hCG检测值无正常妊娠规律变化，超声检查无妊娠征象。
身体症状无明显妊娠相关表现
激素水平相关：没有因妊娠而出现的激素变化带来的身体症状。正常妊娠后，人绒毛膜促性腺激素（hCG）会升高，身体会出现一些相应变化，比如乳房胀痛可能会逐渐加重等，但冻囊胚未着床时，由于没有hCG的持续上升及维持，不会有这些妊娠相关的激素影响带来的身体症状变化。一般女性不会感觉到明显的乳房持续增大、胀痛加剧等情况，和未孕状态下月经前的乳房症状可能类似，但又不完全相同，不过主要是没有妊娠特异性的激素影响表现。
其他系统表现：也不会出现因妊娠导致的如恶心、呕吐等早孕反应。因为早孕反应主要是由于妊娠后激素变化引起，冻囊胚未着床时不存在这种激素变化引发的胃肠道等系统的特殊反应。不同年龄的女性可能表现略有不同，年轻女性身体机能相对较好，但没有妊娠情况就不会有相应的早孕反应；而年龄稍大的女性，身体各方面机能有所下降，但同样不会出现妊娠相关的特殊身体症状改变。
实验室检查结果异常
hCG检测：通过血液或尿液检测hCG水平可辅助判断。正常妊娠后，血液hCG会隔天翻倍增长，而冻囊胚未着床时，hCG水平不会出现这种变化。一般在囊胚移植后的相应时间进行hCG检测，如果检测值没有按照正常妊娠的规律上升，反而可能处于较低水平或者逐渐下降，就提示冻囊胚未着床。例如，囊胚移植后10-14天左右检测hCG，若数值很低且没有上升趋势，就需要考虑冻囊胚未着床的可能。对于有多次冻囊胚移植经历的女性，可对比之前移植后不同时间的hCG变化情况来辅助判断，若此次hCG变化不符合妊娠规律，则提示未着床。
超声检查无妊娠征象
在超声检查下，冻囊胚未着床时，子宫腔内不会看到孕囊等妊娠相关结构。一般在囊胚移植后的一定时间进行超声检查，正常妊娠时能看到宫腔内有孕囊形成，而未着床时则看不到。不同个体的子宫情况可能略有差异，但超声检查会明确显示没有妊娠囊等妊娠相关结构存在。对于有超声检查经验的医生来说，能准确通过超声图像判断是否有妊娠征象，从而辅助判断冻囊胚是否着床。年龄较大的女性可能子宫的各项指标有所变化，但超声检查同样可以清晰呈现是否有妊娠相关结构，若没有则提示未着床。
