幼儿便秘可能由多因素引起，饮食方面乳类摄入不足、辅食添加不合理；生理结构上肠道发育特点致蠕动慢、肛门括约肌功能不完善；生活习惯有排便不规律、缺乏运动；疾病因素包括先天性肠道畸形、内分泌及代谢性疾病等。
辅食添加不合理：幼儿在4-6个月后需逐渐添加辅食，若添加的辅食中膳食纤维含量过少，像蔬菜泥、水果泥等引入过晚或量不足，会使肠道蠕动缺乏足够的刺激，不利于粪便排出。比如，长期只给幼儿喂食精细的米面类食物，而很少添加富含膳食纤维的食物，就容易引发便秘。
生理结构因素
肠道发育特点：幼儿的肠道相对较窄，且肠道神经调节功能尚未完全成熟，肠道蠕动的协调性较差，这使得粪便在肠道内通过的速度较慢，容易导致粪便中的水分被过度吸收，进而造成便秘。例如，新生儿的肠道功能还在不断发育完善过程中，便秘的发生率相对较高。
肛门括约肌功能：幼儿的肛门括约肌功能尚不完善，对粪便的控制能力较弱，但在某些情况下，如粪便干结时，会增加排便的困难程度，进一步加重便秘。当幼儿尝试排便时，因粪便干结可能会产生疼痛，从而导致幼儿产生恐惧排便的心理，使得便秘情况更易持续。
生活习惯因素
排便不规律：幼儿没有形成固定的排便习惯，如不能每天在相对固定的时间尝试排便，肠道就不能形成良好的排便反射，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，引发便秘。例如，家长没有帮助幼儿养成按时排便的习惯，幼儿想排便时不能及时去厕所，就容易导致便秘。
缺乏运动：幼儿活动量相对较少，若日常缺乏足够的运动，会使肠道蠕动减慢，不利于粪便的排出。比如，幼儿长时间处于静坐状态，如看电视、玩电子设备等，而没有足够的户外活动来促进肠道蠕动，就容易出现便秘问题。
疾病因素
先天性肠道畸形：某些先天性肠道畸形，如先天性巨结肠等，会导致肠道的正常蠕动功能受到影响，使粪便通过受阻，从而引发便秘。先天性巨结肠是由于直肠或结肠远端的肠管持续痉挛，粪便淤滞在近端结肠，使该段肠管肥厚、扩张所致，患儿从新生儿时期就可能出现顽固性便秘。
内分泌及代谢性疾病：如甲状腺功能减退症，由于甲状腺激素分泌不足，会导致机体代谢减慢，包括肠道蠕动减慢，进而引起便秘。患儿除了便秘外，还可能伴有生长发育迟缓、智力低下等其他症状。
