重度脂肪肝会带来多方面危害，对肝脏可进展为肝硬化甚至肝癌、影响正常功能；对全身其他系统，心血管系统易致动脉粥样硬化等疾病，内分泌系统可引发胰岛素抵抗及2型糖尿病，呼吸系统会有脂肪栓塞、呼吸功能障碍等；对特殊人群，儿童重度脂肪肝影响生长发育并为成年代谢病埋下隐患，妊娠期重度脂肪肝可致孕妇严重并发症及危及胎儿生命。
影响肝脏正常功能：肝脏是人体重要的代谢器官，重度脂肪肝会干扰肝脏的代谢、合成、解毒等功能。在代谢方面，会影响脂肪、糖类等物质的正常代谢，导致血脂、血糖等代谢指标紊乱；在合成功能上，会影响蛋白质等的合成，进而影响机体的正常生理功能；在解毒功能上，会使肝脏对一些毒素的代谢和清除能力下降，影响身体健康。比如重度脂肪肝患者可能出现白蛋白合成减少，导致机体抵抗力下降等情况，这在一些体型肥胖、长期高脂肪饮食的重度脂肪肝患者中较为常见。
对全身其他系统的危害
心血管系统：重度脂肪肝常伴随血脂异常，如甘油三酯、胆固醇等升高，这会增加动脉粥样硬化的风险，进而导致冠心病、心肌梗死等心血管疾病的发生概率增加。有研究表明，重度脂肪肝患者发生冠心病的风险比正常人群高2-3倍。对于本身有高血压、高血脂基础疾病，又合并重度脂肪肝的人群，心血管系统的损害会进一步加重。例如一位50岁左右、体型肥胖、患有重度脂肪肝且有高血压病史的男性，其心血管疾病的发病风险会显著高于没有脂肪肝的高血压患者。
内分泌系统：可影响胰岛素的敏感性，导致胰岛素抵抗，进而引发2型糖尿病。据统计，重度脂肪肝患者中合并2型糖尿病的比例明显高于普通人群。一些患有重度脂肪肝的肥胖人群，由于胰岛素抵抗，血糖难以控制，使得糖尿病的发病风险大幅上升。比如一些BMI（身体质量指数）大于30且患有重度脂肪肝的人群，患2型糖尿病的几率比BMI正常人群高很多。
呼吸系统：重度脂肪肝可能引起脂肪栓塞，若脂肪栓塞发生在肺部，会影响肺部的正常通气和换气功能，导致呼吸困难等症状。另外，重度脂肪肝患者常伴有肥胖，肥胖相关的呼吸功能障碍，如睡眠呼吸暂停综合征等也较为常见，睡眠呼吸暂停会进一步影响机体的氧供等，对身体健康产生不利影响。例如肥胖合并重度脂肪肝的人群中，睡眠呼吸暂停综合征的发生率较高，这会影响患者的睡眠质量和整体健康状况。
对特殊人群的特殊危害
儿童重度脂肪肝：儿童重度脂肪肝多与肥胖、代谢综合征等相关，可能影响儿童的生长发育。例如会影响骨骼的正常发育，导致身高增长受限等情况。而且儿童重度脂肪肝如果不及时干预，可能为成年后的代谢性疾病埋下隐患，如成年后更易患2型糖尿病、心血管疾病等。对于儿童重度脂肪肝患者，需要家长高度重视，调整儿童的饮食结构，增加运动量等，因为儿童正处于生长发育阶段，肝脏病变对其全身的影响更为关键。
妊娠期重度脂肪肝：妊娠期重度脂肪肝是一种严重的妊娠合并症，病情进展迅速，可导致孕妇出现肝衰竭、肝性脑病、弥散性血管内凝血等严重并发症，同时也会危及胎儿的生命，导致胎儿宫内窘迫、早产、死胎等。例如有研究报道妊娠期重度脂肪肝的孕产妇死亡率较高，而且胎儿的不良结局发生率也很高。对于妊娠期女性，一旦发现重度脂肪肝，需要密切监测母胎情况，及时采取相应的治疗和处理措施，因为妊娠期的特殊生理状态使得重度脂肪肝的危害更为严重和复杂。
