增强CT和增强MRI在成像原理、适用范围、辐射剂量与对比剂、图像特点等方面存在不同，增强CT利用X射线成像，对骨骼等显示好但有辐射和对比剂风险；增强MRI基于原子核信号成像，软组织分辨率高无辐射但钆对比剂有极低不良反应风险，图像特点也各有差异。
增强核磁共振（MRI）：基于原子核在磁场中受射频脉冲激励产生信号，经计算机处理成像。增强MRI注入钆对比剂，通过影响组织的弛豫时间来增强病变与正常组织的对比。
适用范围
增强CT：对骨骼、肺部病变、钙化灶等显示较好，对于急诊创伤等情况，能快速获取图像。但对于中枢神经系统的某些病变，尤其是后颅窝等部位受骨骼伪影影响较大时，可能不如MRI清晰。在肾功能不全患者中使用含碘对比剂需谨慎，因为可能导致对比剂肾病。
增强MRI：对软组织分辨率高，对中枢神经系统、脊髓、关节软骨等病变显示优势明显。对于体内有金属植入物（如心脏起搏器、金属关节等）的患者通常不能进行MRI检查，而增强CT一般不受金属植入物的绝对禁忌，但金属植入物可能会影响图像质量。对于妊娠期女性，增强MRI使用钆对比剂相对安全等级较高，而增强CT因X射线辐射可能对胎儿有潜在风险需谨慎评估。
辐射剂量与对比剂
增强CT：有辐射，辐射剂量相对较高。使用的含碘对比剂可能引起过敏反应、肾损害等不良反应。
增强MRI：无辐射，但使用的钆对比剂极少数情况下可能导致肾源性系统纤维化等不良反应，不过发生概率极低，且对于肾功能正常患者风险较低。
图像特点
增强CT：图像以黑白灰阶显示，密度分辨率有一定特点，病变显示主要通过密度差异。
增强MRI：图像有多种成像序列，如T1加权像、T2加权像等，能从不同角度反映组织特征，对比更加丰富多样。
