新生儿眼底筛查一般无显著危害，但作为侵入性检查，可能存在短暂眼表刺激（如轻微充血）、操作风险（如早产儿视网膜病变筛查时的体位固定不适）。少数情况下，由于早产儿视网膜血管脆弱，可能增加局部出血风险。筛查前需充分评估新生儿健康状况，特别是极低体重儿或有吸氧史者，需由专业团队操作。
筛查过程中，设备光刺激可能短暂影响新生儿瞳孔调节，但通常无长期视力影响。操作时间短暂（约10分钟内），对新生儿整体健康影响极小。若筛查发现异常，及时干预可降低失明风险，收益远大于潜在风险。家长无需过度担忧，应配合完成规范筛查。
