肠结核与克罗恩病可以从临床表现及内镜下进行区分。肠结核症状为腹痛、腹泻、便血等，克罗恩病常表现为便血、消瘦。内镜下肠结核溃疡呈环周型，克罗恩病溃疡常呈纵行。 首先，临床表现上肠结核症状为腹痛、腹泻、便血等，可有午后低热、盗汗、消瘦。克罗恩病亦表现为腹痛、腹泻、便血、消瘦。 其次，肠结核在内镜下好发于回盲部和回肠末端，溃疡呈环周型。克罗恩病常表现为节段性铺路石样改变，溃疡常呈纵行溃疡。肠结核病理下见抗酸杆菌阳性、干酪样肉芽肿，克罗恩病病理为非干酪样肉芽肿，血液中γ干扰素释放试验可协助诊断肠结核。 因此，肠结核与克罗恩病在临床表现及内镜下表现均非常类似，且常有克罗恩病合并肠结核存在，所以区分难度很大。
