十二指肠镜可以发现胆胰汇合部是否存在问题，比如憩室、乳头炎、肿瘤等，做十二指肠镜的同时，不但可以将结石取出，也可以保证胆胰流出道的通畅，避免胆总管结石复发。腹腔镜的优势为手术的同时可以处理胆囊结石、胆囊疾病，但十二指肠镜只能处理胆总管结石。单纯治疗胆总管结石，十二指肠镜，即ERCP更有优势。因为做腹腔镜时只能取出胆总管结石，而看不到胆胰汇合部，即无法明确胆总管、胆胰流入道是否存在问题。胆胰汇合部疾病，包括十二指肠乳头炎、十二指肠乳头狭窄、乳头旁憩室、乳头肿瘤、胆胰合流异常等疾病，在做腹腔镜治疗胆总管结石难以发现的。但十二指肠镜可以发现胆胰汇合部是否存在问题，不但可以将结石取出，也可以保证胆胰流出道通畅，避免胆总管结石复发。十二指肠镜取胆总管结石的缺点为超过2㎝的结石，通过十二指肠镜取石有一定的难度，因为此时取石不但要碎石，同时需要对胆总管下流入道损伤较重，容易导致肠液反流，引起继发胆总管结石，导致括约肌损伤而出现胰腺炎。
