心力衰竭为最常见的并发症，主要由瓣膜关闭不全所致，主动脉瓣受损最常发生。心肌脓肿常见于急性患者，可以发生于心脏任何部位。急性心肌梗死大多有冠状动脉栓塞引起，以主动脉瓣感染时多见。化脓性心包炎不多见，主要发生于急性患者。细菌性动脉瘤多见于亚急性患者，多无症状。迁移性脓肿多见于急性患者，多发生于肝、脾、骨髓和神经系统。约三分之一患者还有神经系统受累的表现，还可能出现脑出血、中毒性脑病、脑脓肿、化脓性脑膜炎等。大多数患者还会有肾损害，包括肾动脉栓塞和肾梗死，肾小球肾炎等。
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